PCA用java实现

我用java实现了PCA算法，其中调用了matlab的函数。

package com.pca;
import java.math.*;

import a2.ab;
import Jama.Matrix;
public class Pca {
	//将原始数据标准化
	public double[][] Standardlizer（double[][] x）{
		int n=x.length;		//二维矩阵的行号
		int p=x[0].length;	//二维矩阵的列号
		double[] average=new double[p];	//每一列的平均值
		double[][] result=new double[n][p];	//标准化后的向量
		double[] var=new double[p];      //方差
		//取得每一列的平均值
		for（int k=0;k			double temp=0;
			for（int i=0;i				temp+=x[i][k];
			}
			average[k]=temp/n;
		}
		//取得方差
		for（int k=0;k			double temp=0;
			for（int i=0;i				temp+=（x[i][k]-average[k]）*（x[i][k]-average[k]）;
			}
			var[k]=temp/（n-1）;
		}
		//获得标准化的矩阵
		for（int i=0;i			for（int j=0;j				result[i][j]=（double） （（x[i][j]-average[j]）/Math.sqrt（var[j]））;
			}
		}
		return result;
		
	}
	//计算样本相关系数矩阵
	public double[][] CoefficientOfAssociation（double[][] x）{
		int n=x.length;		//二维矩阵的行号
		int p=x[0].length;	//二维矩阵的列号
		double[][] result=new double[p][p];//相关系数矩阵
		for（int i=0;i			for（int j=0;j				double temp=0;
				for（int k=0;k					temp+=x[k][i]*x[k][j];
				}
				result[i][j]=temp/（n-1）;
			}
		}
		return result;
		
	}
	//计算相关系数矩阵的特征值
	public double[][] FlagValue（double[][] x）{
		//定义一个矩阵
	      Matrix A = new Matrix（x）;
	      //由特征值组成的对角矩阵
	     Matrix B=A.eig（）.getD（）;
	     double[][] result=B.getArray（）;
	     return result;
	
		
	}
	//计算相关系数矩阵的特征向量
	public double[][] FlagVector（double[][] x）{
		//定义一个矩阵
	      Matrix A = new Matrix（x）;
	      //由特征向量组成的对角矩阵
	     Matrix B=A.eig（）.getV（）;
	     double[][] result=B.getArray（）;
	
	     return result;
		
		
	}
	//假设阈值是90%，选取最大的前几个
	public int[] SelectPrincipalComponent（double[][] x）{
		int n=x.length;		//二维矩阵的行号列号
		double[] a = new double[n];
		int[] result = new int[n];
		int k=0;
		double temp = 0;
		int m=0;
		double total=0;
		for（int i=0;i			for（int j=0;j				if（i==j）{
					a[k]=x[i][j];
				}
			}
			k++;
		}
		double[] temp1=new double[a.length];
		
		System.arraycopy（a 0 temp1 0 a.length）;
		for（int i=0;i			temp=temp1[i];
			for（int j=i;j				if（temp<=temp1[j]）{
					temp=temp1[j];
					temp1[j]=temp1[i];
				}
				
				temp1[i]=temp;
			}
		}
		for（int i=0;i			temp=a[i];
			for（int j=0;j				if（a[j]>=temp）{
					temp=a[j];
					
					k=j;
					
				}
				result[m]=k;
				
			}
			a[k]=-1000;
			
			m++;
		}
		for（int i=0;i			total+=temp1[i];
		}
		int sum=1;
		temp=temp1[0];
		for（int i=0;i			if（temp/total<=0.9）{
				temp+=temp1[i+1];
				sum++;
			}
		}
		int[] end=new int[sum];
		System.arraycopy（result 0 end 0 sum）;
		
		return end;
		
	}
	//取得主成分
	public double[][] PrincipalComponent（double[][] xint[] y）{
		int n=x.length;
		double[][] Result=new double[n][y.length];
		int k=y.length-1;
		for（int i=0;i			for（int j=0

 属性            大小     日期    时间   名称
----------- ---------  ---------- -----  ----
     目录           0  2013-08-05 17:23  PCATest\
     文件         455  2013-08-06 17:15  PCATest\.classpath
     文件         383  2013-08-05 15:25  PCATest\.project
     目录           0  2013-08-05 15:25  PCATest\.settings\
     文件         598  2013-08-05 15:26  PCATest\.settings\org.eclipse.jdt.core.prefs
     目录           0  2013-08-06 17:15  PCATest\bin\
     目录           0  2013-08-06 17:15  PCATest\bin\com\
     目录           0  2013-08-06 17:15  PCATest\bin\com\pca\
     文件        3242  2013-08-06 19:26  PCATest\bin\com\pca\Pca.class
     文件        4658  2013-08-07 19:48  PCATest\bin\com\pca\Test.class
     目录           0  2013-08-06 17:27  PCATest\externalJar\
     文件       52232  2013-08-06 17:14  PCATest\externalJar\a2.jar
     文件       35981  2013-01-28 16:42  PCATest\externalJar\Jama-1.0.3.jar
     目录           0  2013-08-05 15:26  PCATest\src\
     目录           0  2013-08-05 15:26  PCATest\src\com\
     目录           0  2013-08-05 16:31  PCATest\src\com\pca\
     文件        3271  2013-08-06 19:26  PCATest\src\com\pca\Pca.java
     文件        2638  2013-08-07 19:48  PCATest\src\com\pca\Test.java