层次聚类matlab程序

层次聚类的matlab程序，数据来源为80个平面点坐标。

function HCA（）
%UNtitleD2 Summary of this function goes here
%   Detailed explanation goes here
clear;clc
DataSet = load（‘testSet.txt‘）;
index_of_cluster = core（DataSet）;
plot_points（DataSet index_of_cluster）;
%X = DataSet;
%Y = pdist（X‘cityblock‘）;
%Z = linkage（Y‘average‘）;
%[HT] = dendrogram（Z‘colorthreshold‘‘default‘）;
%set（H‘LineWidth‘2）
end


function index_of_cluster = core（DataSet）
DS_size = size（DataSet）;
min_distance = +inf;min_index = zeros（12）;
index_of_cluster = 1:DS_size（1）;
unique_index = unique（index_of_cluster）;
size_unique = size（unique_index）;
while（size_unique（2）>4）
    for i=unique_index
        for j=unique_index（unique_index > i）
            temp_distance = distance_in_clusters（DataSet（index_of_cluster==i:） DataSet（index_of_cluster==j:））; %error.
            if（temp_distance                min_distance = temp_distance;
                min_index = [ij];
            end
        end
    end
    min_distance = +inf;
    index_of_cluster（index_of_cluster == min_index（2）） = min_index（1）;
    unique_index = unique（index_of_cluster）;
    size_unique = size（unique_index）;
end
end

function distance = distance_in_clusters（clusterA clusterB）
% define the distance between two clusters: average-linkage（The mean distance between elements of each cluster）. 
A_size = size（clusterA）;B_size = size（clusterB）;
distance_AB = zeros（A_size（1） B_size（1））;
for i=1:A_size（1）
    for j=1:B_size（1）
        distance_AB（ij） = distance_in_points（clusterA（i:） clusterB（j:））;
    end
end
distance = sum（sum（distance_AB））/（A_size（1）*B_size（1））;
end

function  dist = distance_in_points（vec1 vec2）
dist = sqrt（sum（（vec1-vec2）.^2））;
end

function plot_points（DataSet index_of_cluster）
unique_index = unique（index_of_cluster）;
point_type = ‘mxkxbxrxcxgxyx‘;
j = 1;
for i=unique_index
    points = DataSet（index_of_cluster==i:）;
    plot（points（:1） points（:2）point_type（（2*j-1）:（2*j）））
    j = j+1;
    hold on
end
end

 属性            大小     日期    时间   名称
----------- ---------  ---------- -----  ----
     文件        2043  2015-12-15 20:13  Hierarchical clustering\HCA.asv
     文件        2035  2015-12-15 20:33  Hierarchical clustering\HCA.m
     文件         619  2015-12-15 11:43  Hierarchical clustering\distance_in_clusters.asv
     文件        1600  2011-03-15 13:03  Hierarchical clustering\testSet.txt
     文件      236278  2015-12-15 20:29  Hierarchical clustering\untitled.bmp
     目录           0  2015-12-15 20:35  Hierarchical clustering\