微细胞计数

Matlab 实现的可用于细胞计数的程序

%a Learning To Count example for cell microscopy images 
%generated with SIMCEP tool （http://www.cs.tut.fi/sgn/csb/simcep/tool.html）
%see the data/ folder
%
%Code copyright: Victor Lempitsky 2011

clear all;
disp（‘LEARNING TO COUNT CELLS IN MICROSCOPY IMAGES‘）;
disp（‘----------‘）;

disp（‘Loading pre-trained SIFT codebook...‘）;
load（‘dictionary256.mat‘‘Dict‘）; 

features = cell（321）;
weights = cell（321）;
gtDensities = cell（321）;

if ~exist（‘vl_dsift‘）
    error（‘Please install VLFeat toolbox （http://www.vlfeat.org/） to run this example.‘）
end

disp（‘----------‘）;

if exist（‘features_CELL_IMAGES.mat‘）
    disp（‘Loading features precomputed at previous run‘）;
    load（‘features_CELL_IMAGES.mat‘‘features‘‘weights‘‘gtDensities‘）;
else
    for j=1:32
        disp（[‘Processing image #‘ num2str（j） ‘ （out of 32）...‘]）;
        im = imread（[‘data/‘ num2str（j ‘%03d‘） ‘cell.png‘]）;
        im = im（::3）; %using the blue channel to compute data

        disp（‘Computing dense SIFT...‘）;
        [f d] = vl_dsift（single（im））; %computing the dense sift descriptors centered at each pixel
        %estimating the crop parameters where SIFTs were not computed:
        minf = floor（min（f[]2））;
        maxf = floor（max（f[]2））;
        minx = minf（2）;
        miny = minf（1）;
        maxx = maxf（2）;
        maxy = maxf（1）;   

        %simple quantized dense SIFT each image is encoded as MxNx1 numbers of
        %dictionary entries numbers with weight 1 （see the NIPS paper）:
        disp（‘Quantizing SIFTs...‘）;
        features{j} = vl_ikmeanspush（uint8（d）Dict）;
        features{j} = reshape（features{j} maxy-miny+1 maxx-minx+1）;
        weights{j} = ones（size（features{j}））;    

        %computing ground truth densities:
        gtDensities{j} = imread（[‘data/‘ num2str（j‘%03d‘） ‘dots.png‘]）;
        gtDensities{j} = double（gtDensities{j}（::1））/255;
        %the following line may be commented out:
        gtDensities{j} = imfilter（gtDensities{j} fspecial（‘gaussian‘ 4.0*6 4.0））;  
        gtDensities{j} = gtDensities{j}（miny:maxyminx:maxx）; %cropping GT densities to match the window where features are computable
        disp（‘----------‘）;
    end
    save（‘features_CELL_IMAGES.mat‘‘features‘‘weights‘‘gtDensities‘）;
end

disp（‘Mexifying MaxSubarray procedure‘）;
mex maxsubarray2D.cpp

nTrain = 16;
trainFeatures = features（1:nTrain）;
trainWeights = weights（1:nTrain）;
trainGtDensities = gtDensities（1:nTrain）;

disp（‘Now using the first 16 images to train the model.‘）;
nFeatures = 256;
maxIter = 100;
verbose = true;
weightMap = ones（[size（features{1}1） size（features{1}2）]）;

disp（‘--------------‘）;
disp（‘Training the model with L1 regularization:‘）;
disp（‘--------------‘）;
wL1 = LearnToCount（nFeatures trainFeatures trainWeights ...
        weightMap trainGtDensities -0.1/nTrain maxIter verbose）;

disp（‘--------------‘）;
disp（‘Training the model with Tikhonov r

 属性            大小     日期    时间   名称
----------- ---------  ---------- -----  ----
     文件        4154  2011-02-20 22:05  CellCountingExample.m
     目录           0  2011-02-18 11:37  data\
     文件       79159  2010-05-06 17:05  data\001cell.png
     文件         673  2010-05-06 17:05  data\001dots.png
     文件       83138  2010-05-06 17:05  data\002cell.png
     文件         919  2010-05-06 17:05  data\002dots.png
     文件       75010  2010-05-06 17:06  data\003cell.png
     文件         528  2010-05-06 17:06  data\003dots.png
     文件       74589  2010-05-06 17:06  data\004cell.png
     文件         539  2010-05-06 17:06  data\004dots.png
     文件       76450  2010-05-06 17:06  data\005cell.png
     文件         569  2010-05-06 17:06  data\005dots.png
     文件       80109  2010-05-06 17:06  data\006cell.png
     文件         691  2010-05-06 17:06  data\006dots.png
     文件       81623  2010-05-06 17:06  data\007cell.png
     文件         752  2010-05-06 17:06  data\007dots.png
     文件       78156  2010-05-06 17:06  data\008cell.png
     文件         632  2010-05-06 17:06  data\008dots.png
     文件       80962  2010-05-06 17:07  data\009cell.png
     文件         749  2010-05-06 17:07  data\009dots.png
     文件       77619  2010-05-06 17:07  data\010cell.png
     文件         610  2010-05-06 17:07  data\010dots.png
     文件       78373  2010-05-06 17:07  data\011cell.png
     文件         621  2010-05-06 17:07  data\011dots.png
     文件       85281  2010-05-06 17:08  data\012cell.png
     文件        1088  2010-05-06 17:08  data\012dots.png
     文件       74167  2010-05-06 17:08  data\013cell.png
     文件         521  2010-05-06 17:08  data\013dots.png
     文件       79442  2010-05-06 17:08  data\014cell.png
     文件         696  2010-05-06 17:08  data\014dots.png
     文件       79879  2010-05-06 17:08  data\015cell.png
............此处省略39个文件信息