• 大小: 438KB
    文件类型: .rar
    金币: 2
    下载: 0 次
    发布日期: 2024-02-01
  • 语言: Matlab
  • 标签: CARS  MATLAB  

资源简介

CARS的MATLAB代码,可以正确运行,有测试数据,和PLS结合的代码

资源截图

代码片段和文件信息

function F=carspls(XyAKmethodnum) 
%+++ CARS: Competitive Adaptive Reweighted Sampling method for variable selection.
%+++ X: The data matrix of size m x p
%+++ y: The reponse vector of size m x 1
%+++ A: the maximal principle to extract.
%+++ K: the group number for cross validation.
%+++ num: the  number of Monte Carlo Sampling runs.
%+++ method: pretreatment method.
%+++ Hongdong Li Dec.15 2008.
%+++ Advisor: Yizeng Liang yizeng_liang@263.net
%+++ lhdcsu@gmail.com
%+++ Ref:  Hongdong Li Yizeng Liang Qingsong Xu Dongsheng Cao Key
%    wavelengths screening using competitive adaptive reweighted sampling 
%    method for multivariate calibration Anal Chim Acta 2009 648(1):77-84


tic;
%+++ Initial settings.
if nargin<6;num=50;end;
if nargin<5;method=‘center‘;end;
if nargin<4;K=5;end;
if nargin<3;A=2;end;

%+++ Initial settings.
[MxNx]=size(X);
A=min([Mx Nx A]);
index=1:Nx;
ratio=0.9;
r0=1;
r1=2/Nx;
Vsel=1:Nx;
Q=floor(Mx*ratio);
W=zeros(Nxnum);
Ratio=zeros(1num);

%+++ Parameter of exponentially decreasing function. 
b=log(r0/r1)/(num-1);  a=r0*exp(b);

%+++ Main Loop
for iter=1:num
     
     perm=randperm(Mx);   
     Xcal=X(perm(1:Q):); ycal=y(perm(1:Q));   %+++ Monte-Carlo Sampling.
     
     PLS=pls(Xcal(:Vsel)ycalAmethod);    %+++ PLS model
     w=zeros(Nx1);coef=PLS.coef_origin(1:end-1end);
     w(Vsel)=coef;W(:iter)=w; 
     w=abs(w);                                  %+++ weights
     [wsindexw]=sort(-w);                      %+++ sort weights
     
     ratio=a*exp(-b*(iter+1));                      %+++ Ratio of retained variables.
     Ratio(iter)=ratio;
     K=round(Nx*ratio);  
     
     
     w(indexw(K+1:end))=0;                      %+++ Eliminate some variables with small coefficients.  
     
     Vsel=weightsampling_in(w);                 %+++ Reweighted Sampling from the pool of retained variables.                 
     Vsel=unique(Vsel);              
     fprintf(‘The %dth variable sampling finished.\n‘iter);    %+++ Screen output.
 end

%+++  Cross-Validation to choose an optimal subset;
RMSEP=zeros(1num);
Q2_max=zeros(1num);
Rpc=zeros(1num);
for i=1:num
   vsel=find(W(:i)~=0);
 
   CV=plscvfold(X(:vsel)yAKmethod0);  
   RMSEP(i)=CV.RMSECV;
   Q2_max(i)=CV.Q2_max;   
   
   Rpc(i)=CV.optPC;
   fprintf(‘The %d/%dth subset finished.\n‘inum);
end
[RminindexOPT]=min(RMSEP);
Q2_max=max(Q2_max);




%+++ save results;
time=toc;
%+++ output
F.W=W;
F.time=time;
F.cv=RMSEP;
F.Q2_max=Q2_max;
F.minRMSECV=Rmin;
F.iterOPT=indexOPT;
F.optPC=Rpc(indexOPT);
Ft.ratio=Ratio;
F.vsel=find(W(:indexOPT)~=0)‘;



function sel=weightsampling_in(w)
%Bootstrap sampling
%2007.9.6H.D. Li.

w=w/sum(w);
N1=length(w);
min_sec(1)=0; max_sec(1)=w(1);
for j=2:N1
   max_sec(j)=sum(w(1:j));
   min_sec(j)=sum(w(1:j-1));
end
% figure;plot(max_sec‘r‘);hold on;plot(min_sec);
      
for i=1:N1
  bb=rand(1);
  i

 属性            大小     日期    时间   名称
----------- ---------  ---------- -----  ----

     文件      39936  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\CARS工具包重要函数.doc

     文件       3383  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\carspls.m

     文件      49218  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\CARS_manual.pdf

     文件        920  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\classplot2.m

     文件     448880  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\corn_m51.mat

     文件        288  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\csvd奇异值分解.m

     文件        506  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\example_nir.m

     文件        465  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\expred1.m

     文件        736  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\expred2.m

     文件        812  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\ks.m

     文件      46264  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\LOGO_CARS.JPG

     文件        966  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\lsreg.m

     文件       1166  2019-03-29 13:28  CARS matlab代码\pls\Manne_bi.m

     文件       2983  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\mcs.m

     文件       1217  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\mcuvepls.m

     文件        976  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\mwpls.m

     文件       3013  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\oscplscv.m

     文件        835  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\plotcars.m

     文件        592  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\plotmcs.m

     文件       1953  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\pls.m

     文件       2639  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\plscvfold.m

     文件       1955  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\plsdcv.m

     文件       2977  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\plsmccv.m

     文件       1734  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\plsnipals.m

     文件       2179  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\plsrdcv.m

     文件       4180  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\plssim.m

     文件        342  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\plsval.m

     文件       1788  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\pls_nipals.m

     文件        739  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\pretreat.m

     文件       2944  2012-03-23 20:22  CARS matlab代码\pls\scarspls.m

............此处省略12个文件信息

评论

共有 条评论