maskrcnn 用于细胞图像分割代码

这是maskrcnn keras代码，针对细胞语义分割项目进行了专门的改造，代码中有相应的示例，当这里的代码去掉mask的生成过程，可以当做faster rcnn使用，这是进行细胞语义分割的完整项目，包含训练、测试、记录整个流程

__authors__=“Jie Yang and Xinyang Feng“

import glob
import skimage.io
import argparse
from networkx.algorithms.components.connected import connected_components
import os
import numpy as np
from skimage.color import label2rgb
import pandas as pd
from .nuclei_utils import deoverlap_masks prob_to_rles to_graph compute_overlaps_masks sweep_iou_mask_ap

def ensemble_func（ensemble_dirs = None MASK_ENSEMBLE_SAVE_PATH =‘‘ IMAGE_PATH = ‘‘ test_flag = True iou_threshold = 0.5）:

    test_ids = glob.glob（ensemble_dirs[0]+‘*_mask.npy‘）
    for i in range（len（test_ids））:
        test_ids[i]=test_ids[i].split（‘/‘）[-1].split（‘_mask‘）[0]

    num_models = len（ensemble_dirs）
    rles = []
    new_test_ids = []
    APs = []
    for test_id in test_ids:
        print （test_id）
        detection_resu

 属性            大小     日期    时间   名称
----------- ---------  ---------- -----  ----
     目录           0  2019-04-22 17:22  Keras_maskrcnn\
     文件          46  2018-05-30 11:01  Keras_maskrcnn\.gitignore
     目录           0  2019-04-12 09:15  Keras_maskrcnn\.idea\
     文件         745  2019-03-28 13:32  Keras_maskrcnn\.idea\deployment.xml
     文件         138  2019-03-28 11:04  Keras_maskrcnn\.idea\encodings.xml
     文件         497  2019-04-02 19:37  Keras_maskrcnn\.idea\Keras_maskrcnn.iml
     文件         294  2019-04-02 19:37  Keras_maskrcnn\.idea\misc.xml
     文件         287  2019-03-28 11:04  Keras_maskrcnn\.idea\modules.xml
     文件       11586  2019-04-12 09:15  Keras_maskrcnn\.idea\workspace.xml
     目录           0  2019-03-28 11:06  Keras_maskrcnn\config\
     文件        6730  2018-05-30 11:01  Keras_maskrcnn\config\nuclei_config.py
     文件           0  2019-03-28 11:06  Keras_maskrcnn\config\__init__.py
     文件      424590  2018-05-30 11:01  Keras_maskrcnn\demo_nuclei_maskrcnn.ipynb
     目录           0  2019-03-28 12:16  Keras_maskrcnn\dir\
     文件       36541  2019-03-28 11:34  Keras_maskrcnn\image_augment_refresh.png
     文件         818  2018-05-30 11:01  Keras_maskrcnn\image_group_train.csv
     目录           0  2019-03-28 11:08  Keras_maskrcnn\model\
     文件      116958  2019-03-28 11:08  Keras_maskrcnn\model\nuclei_model.py
     文件           0  2019-03-28 11:07  Keras_maskrcnn\model\__init__.py
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     文件       22907  2019-03-28 10:15  Keras_maskrcnn\nuclei_inf.py
     文件       28632  2019-03-28 10:00  Keras_maskrcnn\nuclei_mosaic.py
     文件        4180  2019-03-28 10:02  Keras_maskrcnn\nuclei_postprocess.py
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     文件        2090  2019-03-28 10:05  Keras_maskrcnn\nuclei_trainvalsplit.py
     目录           0  2019-03-28 11:27  Keras_maskrcnn\references\
     目录           0  2019-03-28 11:07  Keras_maskrcnn\utils\
     文件       41692  2019-03-28 10:05  Keras_maskrcnn\utils\nuclei_utils.py
     文件           0  2019-03-28 11:06  Keras_maskrcnn\utils\__init__.py
     文件         292  2019-03-28 11:02  Keras_maskrcnn\__init__.py