Python RWR 可重启随机游走代码

Python RWR 可重启随机游走代码。 Python RWR，可重启的随机游走源代码，可重启的随机游走源代码 随机游走

“““
Main script for running tissue-specific graph walk experiments to convergence.

“““
import sys
import argparse
from walker import Walker

def generate_seed_list（seed_file）:
    “““ Read seed file into a list. “““
    seed_list = []

    try:
        fp = open（seed_file “r“）
    except IOError:
        sys.exit（“Error opening file {}“.format（seed_file））

    for line in fp.readlines（）:
        info = line.rstrip（）.split（）
        if len（info） > 1:
            seed_list.append（info[1]）
        else:
            seed_list.append（info[0]）

    fp.close（）
    return seed_list

def get_node_list（node_file）:
    node_list = []
    try:
        fp = open（node_file ‘r‘）
    except IOError:
        sys.exit（‘Could not open file: {}‘.format（node_file））

    # read the first （i.e. largest） connected component
    cur_line = fp.readline（）
    while cur_line and not cur_line.isspace（）:
        if cur_line:
            node_list.append（cur_line.rstrip（））
        cur_line = fp.readline（）

    fp.close（）
    return node_list

def main（argv）:

    # set up argument parsing
    parser = argparse.ArgumentParser（）
    parser.add_argument（‘input_graph‘ help=‘Original graph input file in\
                                             edge list format‘）
    parser.add_argument（‘seed‘ help=‘Seed file to pull start nodes from‘）
    parser.add_argument（‘-e‘ ‘--restart_prob‘ type=float default=0.7
                        help=‘Restart probability for random walk‘）
    parser.add_argument（‘-l‘ ‘--low_list‘ nargs=‘?‘ default=None
                        help=‘ List of genes expressed and\
                              unexpressed in the current tissue if applicable‘）
    parser.add_argument（‘-n‘ ‘--node_list‘ nargs=‘?‘ default=None
                        help=‘ Order of output probs‘）
    parser.add_argument（‘-o‘ ‘--original_graph_prob‘ type=float default=0.1
                        help=‘Probability of walking on the original （non-\
                              tissue specific） graph if applicable‘）
    parser.add_argument（‘-r‘ ‘--remove‘ nargs=‘+‘
                        help=‘ Nodes to remove from the graph if any‘）
    opts = parser.parse_args（）

    seed_list = generate_seed_list（opts.seed）
    node_list = get_node_list（opts.node_list） if opts.node_list else []

    # filter nodes we want to remove out of the starting seed if any
    remove_list = opts.remove if opts.remove else []
    if remove_list:
        seed_list = [s for s in seed_list if s not in remove_list]

    # run the experiments and write a rank list to stdout
    wk = Walker（opts.input_graph opts.low_list remove_list）
    wk.run_exp（seed_list opts.restart_prob
               opts.original_graph_prob node_list）


if __name__ == ‘__main__‘:
    main（sys.argv）
    # main（testdata/test_network.ppitestdata/test_seed.txt）

 属性            大小     日期    时间   名称
----------- ---------  ---------- -----  ----
     文件           0  2019-03-26 12:53  Python RWR 鍙噸鍚殢鏈烘父璧颁唬鐮?
     文件      110229  2018-07-29 19:30  Python RWR 鍙噸鍚殢鏈烘父璧颁唬鐮?WechatIMG2.jpeg
     目录           0  2019-03-26 12:53  __MACOSX\
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     文件         266  2018-07-29 19:30  __MACOSX\Python RWR 鍙噸鍚殢鏈烘父璧颁唬鐮?._WechatIMG2.jpeg
     文件        6148  2019-03-26 12:53  Python RWR 鍙噸鍚殢鏈烘父璧颁唬鐮?.DS_Store
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     文件        2880  2019-03-26 11:08  Python RWR 鍙噸鍚殢鏈烘父璧颁唬鐮?run_walker.py
     文件         708  2019-03-26 11:08  __MACOSX\Python RWR 鍙噸鍚殢鏈烘父璧颁唬鐮?._run_walker.py