Python-从Python高效处理FASTQ文件

从Python高效处理FASTQ文件

import sys
from distutils.core import setup Extension
import os
import warnings

PYPINAME = “fastq-and-furious“
PACKAGENAME = “fastqandfurious“
VERSION=“0.2.0“

extra_compile_args = [‘-Wall‘]

CLASSIFIERS = [
    “Intended Audience :: Science/Research“
    “License :: OSI Approved :: MIT License“
    “Operating System :: POSIX :: Linux“
    “Programming Language :: C++“
    “Programming Language :: Python :: 3 :: Only“
    “Programming Language :: Python :: 3.5“
    “Programming Language :: Python :: 3.6“
    “Topic :: Scientific/Engineering“
]

if tuple（sys.version_info[:2]） < （3 5）:
    print（“Error: Python >= 3.5 is *required*.“）
    sys.exit（1）
    

if sys.platform == ‘darwin‘:
    warnings.warn（“Not tested on OSX. Feedback welcome.“）
    pass
elif sys.platform == ‘linux‘:
    pass
else:
    raise ValueError（“The platform %s is not supported.“ % sys.platform）

faf_mod = Extension（“%s._fastqandfurious“ % PACKAGENAME
                    sources=[“src/_fastqandfurious.c“ ]
                    #depends=[“src/.h“]
                    #include_dirs=[“src“]
                    language=“c“
                    extra_compile_args = extra_compile_args + \
                    [‘-O3‘ ‘-std=c99‘]）

setup（
    name = PYPINAME
    version = VERSION
    description = “Fast handling of FASTQ files“
    license = “MIT“
    author = “Laurent Gautier“
    author_email = “lgautier@gmail.com“
    url = “https://github.com/lgautier/fastq-and-furious“
    packages = [PACKAGENAME
                #PACKAGENAME + ‘.tests‘
                PACKAGENAME + ‘.demo‘]
    package_dir = {PACKAGENAME: ‘src‘}
    ext_modules = [faf_mod ]
    extras_require = {
        ‘test‘ : [‘pytest‘ ]
        ‘demo‘ : [‘ngs_plumbing‘ ‘screed‘ ‘biopython‘]}
    classifiers = CLASSIFIERS）

 属性            大小     日期    时间   名称
----------- ---------  ---------- -----  ----
     目录           0  2019-02-03 19:55  fastq-and-furious-master\
     文件         952  2019-02-03 19:55  fastq-and-furious-master\.travis.yml
     文件        1059  2019-02-03 19:55  fastq-and-furious-master\LICENSE
     文件          25  2019-02-03 19:55  fastq-and-furious-master\MANIFEST.in
     文件        8127  2019-02-03 19:55  fastq-and-furious-master\README.md
     目录           0  2019-02-03 19:55  fastq-and-furious-master\data\
     文件        1505  2019-02-03 19:55  fastq-and-furious-master\data\test.fq
     文件        1617  2019-02-03 19:55  fastq-and-furious-master\data\test_longqualityheader.fq
     文件         458  2019-02-03 19:55  fastq-and-furious-master\data\test_tricky.fq
     文件        1810  2019-02-03 19:55  fastq-and-furious-master\setup.py
     目录           0  2019-02-03 19:55  fastq-and-furious-master\src\
     文件        7140  2019-02-03 19:55  fastq-and-furious-master\src\_fastqandfurious.c
     目录           0  2019-02-03 19:55  fastq-and-furious-master\src\demo\
     文件       12777  2019-02-03 19:55  fastq-and-furious-master\src\demo\benchmark.py
     文件        9164  2019-02-03 19:55  fastq-and-furious-master\src\fastqandfurious.py
     文件        2939  2019-02-03 19:55  fastq-and-furious-master\tests.py
     文件       17202  2019-02-03 19:55  fastq-and-furious-master\throughput.png