聚类有效性评价计算 MATLAB编写

包含外部有效性指标和内部有效性指标，Rand index、 Adjusted Rand index、 Mirkin index、Hubert indexSilhouette、 Davies-Bouldin、Calinski-Harabasz、Krzanowski-Lai、Hartigan、weighted inter- to intra-cluster ratio、Homogeneity Separation

function result = daisy（xvtypemetric）

%DAISY returns a matrix containing all the pairwise dissimilarities
%（distances） between observations in the dataset.  The original
%variables may be of mixed types.
%
%The calculation of dissimilarities is explained in:
%   Kaufman L. and Rousseeuw P.J. （1990）
%   “Finding groups in data: An introduction to cluster analysis“
%   Wiley-Interscience: New York （Series in Applied Probability and
%   Statistics） ISBN 0-471-87876-6.
%
% Required input arguments:
%   x : Data matrix （rows = observations columns = variables）
%   vtype : Variable type vector （length equals number of variables）
%       Possible values are 1  Asymmetric binary variable （0/1）
%                           2  Nominal variable （includes symmetric binary）
%                           3  Ordinal variable
%                           4  Interval variable
%
% Optional input arguments:
%   metric : Metric to be used （default euclidian （eucli） or mixed （mixed））
%       Possible values are ‘eucli‘ Euclidian （all interval variables）
%                           ‘manha‘ Manhattan
%                           ‘mixed‘ Mixed （not all interval variables）
%
% I/O:
%   result=daisy（xvtype‘eucli‘）
%
% Example （subtracted from the referenced book）
%   load flower.mat
%   result=daisy（flower[2 2 1 2 3 3 4]）;
%
% The output of DAISY is a structure containing:
%   result.disv       : dissimilarities （read row by row from the
%                       lower dissimilarity matrix）
%   result.metric     : used metric
%   result.number     : number of observations
%
% This function is part of LIBRA: the Matlab Library for Robust Analysis
% available at:
%              http://wis.kuleuven.be/stat/robust.html
%
% Written by Guy Brys and Wai Yan Kong （May 2006）

%Checking and filling in the inputs
if （nargin<2）
    error（‘Two input arguments required‘）
elseif （nargin<3）
    if （sum（vtype）~=4*size（x2））
        metric = ‘mixed‘;
        metr = 0;
    else
        metric = ‘eucli‘;
        metr = 1;
    end
elseif （nargin==3）
    if strcmp（metric‘eucli‘）
        metr=1;
    elseif strcmp（metric‘manha‘）
        metr=2;
    elseif strcmp（metric‘mixed‘）
        metr=0;
    end
end

%Standardizing in case of mixed metric
if （sum（vtype）~=4*size（x2））
    colmin = min（x）;
    colextr = max（x）-colmin;
    x = （x - repmat（colminsize（x1）1））./repmat（colextrsize（x1）1）;
end

%Replacement of missing values
jtmd = repmat（11size（x2））-2*（sum（isnan（x））>0）;
valmisdat = min（min（x））-0.5;
x（isnan（x）） = valmisdat;
valmd = repmat（valmisdat1size（x2））;

%Actual calculations
disv=daisyc（size（x1）size（x2）xvalmdjtmdvtypemetr）;

%Putting things together
result = struct（‘disv‘disv‘metric‘metric‘number‘size（x1））;

 属性            大小     日期    时间   名称
----------- ---------  ---------- -----  ----
     文件         723  2009-07-07 21:42  Notice_contributedFiles.txt
     文件        3863  2009-07-01 15:03  ReadmeChinese.txt
     文件        5259  2009-07-01 15:03  ReadmeEnglish.txt
     文件        2831  2006-09-19 21:13  daisy.m
     文件        8704  2006-05-09 14:18  daisyc.dll
     文件         227  2007-04-05 13:11  ind2cluster.m
     文件       20832  2006-12-11 21:40  leuk72_3k.txt
     文件        1337  2009-07-09 03:42  license.txt
     文件        3877  2009-07-01 15:06  mainClusterValidationNC.m
     文件        8288  2006-10-25 03:01  pam.m
     文件       12800  2006-05-09 14:22  pamc.dll
     文件         514  2006-12-18 20:46  similarity_euclid.m
     文件         479  2007-03-11 14:35  similarity_pearson.m
     文件         556  2007-03-11 03:25  similarity_pearsonC.m
     文件         304  2006-12-18 20:52  standarz.m
     文件        1718  2006-10-25 00:49  valid_RandIndex.m
     文件         961  2007-02-10 19:49  valid_clusterIndex.m
     文件         780  2007-04-05 13:32  valid_errorate.m
     文件         621  2007-03-11 04:02  valid_findk.m
     文件         823  2007-03-15 12:59  valid_index_plot.m
     文件         881  2007-03-15 13:10  valid_internal_deviation.m
     文件        1201  2007-03-15 14:05  valid_internal_intra.m
     文件        1258  2007-03-11 03:28  valid_intrainter.m
     文件         889  2007-03-11 02:49  valid_sumpearson.m
     文件        1375  2007-03-11 02:47  valid_sumsqures.m
     文件        1936  2007-06-15 00:53  validity_Index.m
     文件        1429  2004-07-31 21:28  xlim2.m