Python可重启随机游走代码

“““
Main script for running tissue-specific graph walk experiments to convergence.

“““
import sys
import argparse
from walker import Walker

def generate_seed_list（seed_file）:
    “““ Read seed file into a list. “““
    seed_list = []

    try:
        fp = open（seed_file “r“）
    except IOError:
        sys.exit（“Error opening file {}“.format（seed_file））

    for line in fp.readlines（）:
        info = line.rstrip（）.split（）
        if len（info） > 1:
            seed_list.append（info[1]）
        else:
            seed_list.append（info[0]）

    fp.close（）
    return seed_list

def get_node_list（node_file）:
    node_list = []
    try:
        fp = open（node_file ‘r‘）
    except IOError:
        sys.exit（‘Could not open file: {}‘.format（node_file））

    # read the first （i.e. largest） connected component
    cur_line = fp.readline（）
    while cur_line and not cur_line.isspace（）:
        if cur_line:
            node_list.append（cur_line.rstrip（））
        cur_line = fp.readline（）

    fp.close（）
    return node_list

def main（argv）:

    # set up argument parsing
    parser = argparse.ArgumentParser（）
    parser.add_argument（‘input_graph‘ help=‘Original graph input file in\
                                             edge list format‘）
    parser.add_argument（‘seed‘ help=‘Seed file to pull start nodes from‘）
    parser.add_argument（‘-e‘ ‘--restart_prob‘ type=float default=0.7
                        help=‘Res